박사과정에서는 학생들이 독립적인 연구능력을 갖추도록 개별적인 연구 주제를 발전시키고 적합한 연구 방법으로 연구를 진행하도록 한다. 학생들이 이론에 대한 깊이 있는 이해와 논리적이고 비판적인 사고 능력을 얻고 , 이를 적합한 연구 설계를 통해 논문으로 완성해내도록 교육하고 지도한다. 박사과정에서 학생들은 복지국가 및 사회보장 또는 임상 및 서비스의 전공 분야에 따라 <사회보장제도분석>, <사회복지, 경제성장, 그리고 소득불평등>, <프로그램 평가와 분석 > 등을 수강한다. 박사과정에서는 특히 고급 수준의 연구 수행 능력을 갖추는 것이 중요하게 다루어져, <고급사회조사자료분석론>, <임상사회복지연구방법론>, <사회복지실천분석론> 등의 교과목에서 다양한 연구 방법들을 탐구한다. 한편, 최근의 동향, 이슈, 학생들의 관심사에 따라 해당 분야의 전문가를 초빙하는 특강과목이 다양하게 제공된다. 정규과정을 마친 학생들은 개인 연구물을 발표하고 박사학위를 위한 논문연구를 수행하는 과정을 통해 우수한 연구능력과 전문성을 갖춘 독자적인 연구자로 완성된다.